伝承によれば、寿永元年(1185年)2月、平家追討の最中に源義経がこの地で宿を取ったところ、宇佐八幡信の霊夢を見、目覚めると梅の木に鏡がかかっていました。それを手にした義経は軍神であり源氏の氏神でもある八幡神の力を得たとばかりにその鏡を奉じて平家を打ち滅ぼしました。このことを後鳥羽天皇に奏上して神社建立を許され、この地に大宮八幡宮を建立しました。摂津誌には「南島神社」と記されています。
豊臣秀吉によって大阪城が築かれた際は大坂城の鬼門守護神とされ、境内の整備がおこなわれて秀吉の大いなる保護を受けました。