桓武天皇の御代の延暦8年、坂上田村麻呂が宇左八幡大社の御分霊を祀ったと伝えられ、徳川4代将軍家綱の頃、江戸小石川水道橋外吉祥寺火事「明暦の大火」の後、周辺町民はこの地に移住し、神社も遷座される。以来、寛文初年吉祥寺村開村により村民の氏神様として崇められてきた。