弘安四年元寇の役で勇将河野通有は、氏神三島大明神に祈願し勝利。その後神のお告げにより大山祇大明神を武蔵国豊島郡に勧請し分霊を金杉村のこの三島神社に遷座。宮司は代々河野通有の子孫である河野氏が奉仕している。
「落ちない雷井戸」、不落守（落ちない守）、雷絵馬が有名。